Климат
На територията на Природен парк “Рилски манастир” са представени три от четирите физикогеографски дяла на планината както следва: Централен, Северозападен и Югозападен. Около 10% от територията попада в предпланинската (800 – 1000 м н.в.) и 90% в планинската (над 1000 м н.в.) климатични области. Паркът е разположен на границата на умерено-континенталния и преходно-средиземноморския климат.
Разнообразният релеф и ориентация на долините, височинният термоклин от 0.7° C на всеки 100 м височина обуславят наличието на съществени разлики в климата между по-ниските части на Парка и тези разположени на по-голяма надморски височина.
Най-ниските температури, измерени в района на Рилския манастир, са около минус 25°C (края на януари), максималните температури не надминават 36°C (юли). Средните годишни температури във височинния интервал 2000 – 2500 м н.в. са в интервала 5 – 0°C, а над 2500 м н.в. (на много малко места в Парка) те са отрицателни.
В предпланинската част средната сума на годишните валежи е 700 – 800 мм. В зоната 1000 – 2200 м н.в. те са между 1050 и 1200 мм, а на по-голяма надморска височина има тенденция на намаляване и валежите,като те са предимно от сняг (ноември – май). Най-сухият месец през годината е февруари, а максимумът на валежите е установен през май и юни, при което денонощният обем се движи между 40 – 50 мм. Летни засушавания се наблюдават през м. септември – под 40 мм. В последното десетилетие е установена трайна тенденция за намаляване на валежите с 3 – 4% годишно.
Геология
Районът на Природния парк “Рилски манастир” е изграден предимно от метаморфити – гнайси, амфиболити, слюдени шисти, мрамори, които граничат на север и изток с едрозърнести гранити, гранитогнайси или процепени от ситнозърнести гранити и пегматитови жили. Като отражение на блоково-разломната структура на Рилския масив в района и под влияние на неотектонските движения се очертават няколко мощни била и внушителни моноклинални гребени.
Минерали
Установени са 56 минерални вида и разновидности, свързани с метаморфни скарнови и пегматитови процеси. От особен интерес са скарновите и пегматитовите минерали.
Хидрология
На територията на Природния парк “Рилски манастир” се намират 28 езера, от които 25 глациални и 3 с предполагаем тектонски произход. Най-високо разположено е първото от Дяволските езера (2445 м), а най-ниско разположено е Сухото езеро (1892 м). В Парка се намира и най-голямото високопланинско езеро на Балканския полуостров – Смрадливото, с площ 212 дка и дълбочина 24 м.
Езерата дават началото на много рекички и долове, които формират оттока на главната река в Парка – р. Рилска. Територията на Природния парк е една от най-богатите на водни ресурси части на България. Водосборът на р. Рилска е 390 км2, а дължината й е 51 км. Тя извира от Рибни езера и събирайки водите на р. Илийна и тези на множество рекички и потоци, изтича на запад като се влива в р. Струма при с. Шарков чифлик, област Кюстендилска. Във водосбора на р. Рилска са разположени следните езера: Смрадливите езера, Черното езеро (Черния гьол), Дяволски (Джендемски) езера, Манастирските езера, Маринковско езеро, Сухото езеро, Рибни езера.
Другата основна река в Природния парк е р. Илийна. Тя е ляв приток на р. Рилска, като се влива в нея в м. Бричебор. И тук както при р. Рилска, по-големият речен приток идва от северните склонове от южната страна на реката. По тези склонове се формират реките Радовичка, Каменица (Коджакарийца), Димчов дол, Грамадливица и Краварски дол. Десните притоци са Мраморска (Мермерска) река, Чернатишка (Караомеришка) река, Дядоильов дол и Белоборски дол. Повечето от тези реки дават началото си от високопланинските езера, разположени в района: Чернатишки (Караомерски) езера, Мраморецко (Мермерско) езеро, Езеро Каменица (Коджакариица).
Почви
Съгласно комплексното райониране на България по отношение на почви, климат и растителност, според Класификационната схема на типовете горски месторастения в НРБ(1983), ППРМ попада в Тракийската горскорастителна област, подобласт Рила, среден и високопланински пояси. В Природния парк “Рилски манастир” преобладават кафявите горски, планинско горските тъмноцветни и планинско ливадните почви с маломощен до средномощен хумусен хоризонт.